Allí empieza otra historia, y el campeonato se terminó decidiendo en la sede de la Federación Ecuatoriana de Fútbol. En 1995 y debido al Campeonato Mundial Sub-17 de la FIFA que se celebraría en Ecuador y su sede de los cuartos de final, semifinal, la disputa por el tercer lugar y la final sería el Estadio Monumental, La Federación Ecuatoriana de Fútbol divide el torneo en 2 competencias cortas en el primero de estos campeonatos el Barcelona gana su décimo segundo campeonato ecuatoriano, con un gran equipo y con la primera temporada en el cuadro ídolo del argentino Carlos Alfaro Moreno. El ídolo tuvo tres técnicos durante el año, y al final apareció el equipo de la mano del chileno Luis Santibáñez en la banca y del brasileño Severino Vasconcelos en la cancha, bien secundado por el uruguayo Alfredo De Los Santos en la defensa, el brasileño Toninho Vieira en el mediocampo y por los nacionales Flavio Perlaza (capitán), Fausto Klinger, Mauricio Arguello, Galo Vásquez, Lorenzo Klinger, Holguer Quiñónez, Carlos Luis Morales, Jimmy Montanero, etc. Liguilla de Infarto. Rubén Darío Insúa les dijo a sus muchachos que fueran con garra, concentración y fútbol eso era posible y así fue el elenco titular con José Francisco Cevallos, Luis Gómez, Jimmy Montanero, Luis Capurro, Fricson George, Héctor Carabalí, Marcelo Morales, Julio César Rosero, Marco Etcheverry, Nicolás Asencio y Agustín Delgado.
Barcelona enfrentó en la penúltima fecha a El Nacional, en un partido lleno de dramatismo con los 10 jugadores canarios en el que el cuadro canario caía por 2-0, Barcelona consiguió la victoria de visitante luego de remontar el marcador incluyendo dos goles en los últimos minutos del cotejo, derrotando a su rival 2-3. Para la última fecha Barcelona debía enfrentar a Deportivo Quito en condición de local, para consagrarse campeón Barcelona necesitaba conseguir una victoria abultada de 3 goles o más empatando así en puntos pero no en diferencia de goles, de otra forma Deportivo Quito se proclamaría campeón por gol diferencia, con goles de Jimmy Montanero, Agustín Delgado y Marco Etcheverry, Barcelona se proclamaba campeón del fútbol ecuatoriano por décima tercera ocasión. El cuadro canario ganó la Primera Etapa, luego de una mala campaña en la Copa Libertadores; ganó su grupo en la Segunda Etapa; en la Tercera Etapa clasificó a la Liguilla Final de forma holgada y en la Liguilla Final barrió, terminando invicto en la etapa más complicada del torneo.
Aunque sus resultados en pre Libertadores eran muy buenos, en el torneo nacional no les iba bien pues empataban o perdían y si ganaban lo hacían por la mínima; por lo que en la pre Libertadores a los toreros los comentaristas los ponían en la cima, en un pedestal pero en la Liga Pro los rebajaban hasta tocar fondo pues no daban una buena campaña nacional, esto porque se encontraban peleando su boleto a fase de grupos en La Libertadores. Quizás es uno de los mejores campeonatos que ha disputado el Ídolo durante esa campaña. La noticia que Abdalá Bucaram ganó la presidencia de Barcelona ocupó durante días la primera plana de los diarios y dio la vuelta al mundo. Además de quedar campeón, bajo la presidencia de Isidro Romero, en 1987 Barcelona inauguraría su estadio propio, ya que el equipo solía jugar en el Estadio Modelo. El partido de ida fue en la ciudad de Asunción el 3 de octubre, con la presencia de Juan Daniel Cardelino (URU) como árbitro, donde el equipo local derrotó al Barcelona por 2-0. En el partido de vuelta, disputado en la ciudad de Guayaquil en el Estadio Monumental Isidro Romero Carbo el 10 de octubre, con la presencia de Juan Carlos Loustau (ARG) como árbitro central, el Barcelona no pudo dar vuelta al resultado empatando a 1 con el equipo paraguayo, en un polémico arbitraje.
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