En 1953 y 1954 logró el subcampeonato a manos del equipo de Milagro el Unión Deportiva Valdez, además que en esta temporada aparece la figura de Luciano Macías, quien actuó los tres últimos partidos dando muestras de su gran categoría. En 1987 Barcelona vuelve a dominar el torneo nacional y lo hace de principio a fin; ganando las tres etapas del torneo, de la mano del veterano técnico uruguayo Roque Gastón Maspoli. De ahí nació el tradicional Clásico del fútbol ecuatoriano: el Clásico del Astillero. Es digno de mencionar también que fue en esta época en que de consolida el Clásico del Astillero con Emelec como una gran rivalidad primero a nivel de Guayaquil y luego a nivel nacional. En 1957 aparece la figura de Vicente Lecaro, un integrante del plantel juvenil de Barcelona que anuló a hombres como Horacio Romero y Alberto Spencer cuando le tocó enfrentar a la reserva del Everest. Ansaldo, Macías, Salcedo, Simón y Clímaco Cañarte, titulares absolutos junto a hombres como Cantos, Jurado, Alume y Solórzano unidos a Sánchez y Chuchuca lograron el plantel equilibrado que se buscó por tanto tiempo. El Millonarios era considerado en esa época como el mejor equipo del mundo y contaba con jugadores de gran reputación como Alfredo Di Stéfano, Néstor Raúl Rossi y Adolfo Pedernera.
31 de agosto de 1949 Barcelona enfrenta al mejor equipo del mundo de ese entonces Millonarios de Colombia, que contaba en sus filas a los famosos Adolfo Pedernera, Julio Cozzi, Néstor Raúl Rossi y Alfredo Di Stéfano; en un gran partido jugado en Guayaquil los toreros contaban con puros jugadores criollos venció a este poderoso plantel 3-2, Enrique Cantos abrió el marcador luego Pedernera y Di Stéfano pusieron en ventaja a los bogotanos, luego faltando 15 minutos para el final Jorge «Mocho» Rodríguez igualó y a los 85 Víctor Lindor pone la victoria. Ya en el Campeonato del Guayas; debido a las sanciones provocadas por la huelga de jugadores; Barcelona con un plantel muy disminuido y lleno de juveniles, estuvo a punto de quedar en el último lugar y descender de categoría salvándose en la última fecha. En el año 1958, no se desarrolló el campeonato ecuatoriano de fútbol, solo se desarrolló partidos amistosos en la provincia del Guayas, el club terminó en el último lugar del torneo. Transcurrió un año de este hecho histórico cuando cosechó su primer éxito a nivel amateur, coronándose campeón del torneo de FedeGuayas en 1950, que a la postre, por el nacimiento del fútbol profesional en el Guayas, fue el último torneo amateur que se disputó en Guayaquil.
Con su primer título en mano, el del Campeonato del Guayas de 1950 – el último Torneo de la era amateur- conseguido el 20 de noviembre, el Barcelona Sporting Club y otros clubes tales como: el Emelec, Norte América, 9 de Octubre, Everest y Reed Club, deciden dar paso a la profesionalización del fútbol, conforme lo hacía la corriente regional y forman la Asociación de Fútbol del Guayas, más conocida como Asoguayas, logrando la independencia de Fedeguayas y se procede a disputar el primer torneo provincial de fútbol profesional con la participación de los formadores de Asoguayas y otros clubes que se sumaron al primer torneo. El primer campeonato provincial disputado en 1951, fue ganado por el Club Río Guayas, y la ubicación de Barcelona no fue estelar ya que se ubicó en la tercera posición, futboloo tras el campeón Río Guayas y el subcampeón Patria. La duodécima edición del torneo de la Copa Libertadores de América tenía la participación del campeón de 1970 Barcelona y el subcampeón Emelec en el grupo 5, Barcelona ganó la llave por encima de Emelec y de los cuadros colombianos Deportivo Cali y Junior. Fue tan espectacular este grupo de jugadores que esa nómina está entre los mejores equipos que ha tenido Barcelona en toda su rica historia.